A história academicamente aceita sobre a origem das Igrejas Batistas é seu surgimento como um grupo de dissidentes ingleses no século XVII. A primeira igreja batista nasceu quando um grupo de refugiados ingleses que foram para a Holandaem busca da liberdade religiosa em 1608, liderados por John Smyth, um clérigo e Thomas Helwys, um advogado, organizaram em Amsterdã, em 1609 uma igreja de doutrinas batistas. John Smyth discordava da política e de alguns pontos da doutrina da Igreja Anglicana da qual ele era pastor após uma aproximação com os menonitas e, examinando a Bíblia, creu na necessidade de batizar-se com consciência e em seguida batizou os demais fundadores da igreja, constituindo-se assim a primeira igreja batista organizada. Até então, o batismo não era por imersão, só os batistas particulares, por volta de1642, adotaram oficialmente essa prática tornando-se comum depois a todos os batistas. A primeira confissão dos particulares, a Confissão de Londres de 1644, também foi a primeira a defender o imersionismo no batismo.

Depois da morte de John Smyth e da decisão de Thomas Helwys e seus seguidores de regressarem para a Inglaterra, a igreja organizada na Holanda desfez-se e parte dos seus membros uniram-se aos menonitas. Thomas Helwys organizou a Igreja Batista em Spitalfields, nos arredores de Londres, em 1612. A perseguição aos batistas e a outros dissidentes ingleses, fez com que muitos emigrassem. O mais famoso foi John Bunyan, que escreveu sua obra-prima O Peregrinoenquanto estava preso. Nos Estados Unidos, a primeira igreja batista nasceu através de Roger Williams, que organizou a Primeira Igreja Batista de Providence em 1639, na colônia que ele fundou com o nome de Rhode Island, e John Clark que organizou a Igreja Batista de Newport, também em Rhode Island em 1648. Em terras americanas os batistas cresceram principalmente no sul, onde hoje sua principal denominação, a Convenção Batista do Sul, conta com quase 15 milhões de membros, sendo a maior igreja protestante dos Estados Unidos.

Igreja Batista no interior do Estado de Nova York.

Existem ainda outras teorias sobre a origem dos batistas, mas que são rejeitadas pela historiografia oficial. São elas a teoria de Sucessão Apostólica, ou JJJ (João - Jordão - Jerusalém) e a teoria anabaptista. Ambas são rejeitadas pelos historiadores batistas Henry C. Vedder e Robert G. Torbet. A teoria de sucessão apostólica postula que os batistas atuais descendem deJoão Batista e que a igreja continuou através de uma sucessão de igrejas (ou grupos) que batizavam apenas adultos, como os montanistas, novacianos, donatistas, paulicianos, bogomilos, albigenses e cátaros, valdenses e anabatistas. Os batistas landmarkistas utilizam este ponto de vista para se auto-proclamar única igreja verdadeira.

Essa teoria apresenta alguns problemas, como o fato que grupos como bogomilos e cátaros seguiam doutrinas gnósticas e o gnosticismo é contrário às doutrinas batistas de hoje. Também, alguns desses grupos que sobrevivem até o presente, igrejas como a dos valdenses (que desde a Reforma é uma denominação Calvinista) ou dos paulicianos, não se identificam com os batistas. A teoria anabatista é aquela que afirma que os batistas descendem dos anabatistas, que pregaram sua mensagem no período da Reforma Protestante.